La guerre de Cent Ans qui conduit le pays à la ruine, voit naître les "routiers, ou grandes compagnies" qui pillent, ruinent, rançonnent et dévastent les campagnes. Hélas! La chartreuse de Valbonne n'est pas épargnée. En effet, des établissements aussi vastes et isolés que ce monastère, mais également si peu aptes par leur vocation aux parades de défense, étaient singulièrement exposés.

Seul, le "Kalendarium Cartusiae Valisbonae", volumineux manuscrit de 1200 pages, rédigé à partir de 1661, restitue un résumé des quatre premiers siècles de la vie de la chartreuse.
La Grande Chartreuse envoie de nouveaux pères pour la restaurer et la repeupler. Les travaux commencent dès 1593 et les cellules peuvent être réoccupées dix ans plus tard. Un prieur énergique, François Laurent, assure la sécurité du monastère et permet ainsi le retour d'une vie conventuelle régulière au monastère.

Le grand cloître, tel que nous le voyons aujourd'hui, a été commencé à cette époque. De même la porte d'entrée, de style Renaissance qui, toute majestueuse qu'elle soit, est surmontée d'une bretèche témoignant des inquiétudes qui se manifestaient encore. La reconstruction fut longue et la nouvelle église fut bâtie seulement entre 1770 et 1780.