La rénovation et la reconstruction de la chartreuse est achevée lorsqu' intervient la Révolution de 1789. C'est à nouveau l'irruption brutale de l'histoire dans la vie de la chartreuse. Les biens de l'Eglise étant mis à la disposition de la Nation suivant décret du 2 novembre 1789, les temporels des chartreuses deviennent biens nationaux.

Le 13 février 1790, les ordres religieux ayant été supprimés par décret, les religieux des chartreuses sont dispersés. Le dernier père quitte Valbonne le 1er octobre 1790.

En 1822, la commission administrative chargée de la gestion de la chartreuse, parle de ruines, tout ayant été pillé, vendu ou récupéré par les communes avoisinantes... Alors, décision est prise d'une vente aux enchères, et le 28 janvier 1836, les chartreux rachètent le monastère pour la somme de 65 300 fr.

Une fois encore la chartreuse de Valbonne va renaître de ses cendres. Restauration, mais aussi nouvelles constructions. La chapelle des familles ainsi que celle des reliques sont de cette époque. Résurrection générale: le chant grégorien retentit à nouveau à l'intérieur, et les champs se couvrent de belles cultures à l'extérieur; les écuries sont repeuplées et les troupeaux reconstitués. Les étrangers, les nécessiteux sont, comme par le passé, accueillis dans la cour d'entrée et l'on pourrait penser que cette ruche bourdonnante se prépare à un bel avenir.

Pourtant, alors que la chartreuse a retrouvé vie et sérénité, qu'elle n'aspire qu'à la paix et à la tranquillité, au silence pour la prière et pour se vouer à la contemplation, une querelle virulente intervient au niveau de l'Etat à propos de la "question laïque". La loi Combes du 1er juillet 1901 place les congrégations sous le contrôle de l'Etat qui peut ou non les autoriser selon leur utilité. Les moines de Valbonne, ainsi que ceux des autres chartreuses de France, refusant de se soumettre, sont contraints à l'exil. Ils partent pour l'Espagne où ils réaménagent la chartreuse d'Aula Dei qui avait été en partie anéantie lors des deux sièges de Saragosse par Napoléon Ier.

Cette fois, les moines doivent définitivement abandonner leur chartreuse et Dom Gorce, dernier prieur, quitte Valbonne le 30 septembre 1901.